Pour libérer la mémoire, il faut supprimer tous les objets non utilisés avec rm. Si on veut tout supprimer, on peut faire un :

rm(list=ls())

Ou, pour inclure aussi les objets commençant par un . :

rm(list=ls(all.names=TRUE))

Mais ceci ne suffit pas, il faut ensuite lancer un garbage collection pour réellement libérer la mémoire utilisée par ces objets. Pour cela, la commande gc() devrait suffire :

gc()